Le musée où sont exposés les statues, les reliefs et les sarcophages issus de la fouille ; l'un des rares exemples installés au sein même du site archéologique. Une part importante des reliefs du Sébastéion s'y trouve.
Le musée a ouvert en 1979 et abrite des découvertes qui vont de la préhistoire à l'époque byzantine : statues, reliefs, sarcophages, portraits, inscriptions, monnaies et céramique. La collection est sortie pour l'essentiel du sol même de la cité.
Que le musée soit implanté au sein du site archéologique est une disposition peu répandue en Turquie : on peut voir un édifice sur le terrain, puis examiner quelques centaines de mètres plus loin la pièce qu'il portait. Parmi les œuvres connues de l'exposition figurent la frise de Zoïlos et la statue de Melpomène.
Ouverte en 2008, la salle Sevgi Gönül est consacrée à une part importante des reliefs du Sébastéion. Les panneaux y sont disposés non pas comme des œuvres isolées, une à une, mais de manière à pouvoir être lus dans le programme auquel ils appartiennent.
La salle est aussi une décision de conservation : les panneaux dont la surface se serait dégradée en restant à l'air libre ont été placés dans un environnement clos et contrôlé.
Les pièces les plus instructives du musée sont les statues inachevées autant que les statues achevées. Les œuvres laissées à mi-chemin montrent côte à côte les étapes allant du dégrossissage au polissage et racontent directement la manière de travailler de l'école de sculpture d'Aphrodisias.
La matière première de cette tradition, qui s'étend du Ier siècle av. J.-C. au Ve siècle apr. J.-C., venait des carrières situées au nord-est de la cité — et ce sont précisément ces carrières qui forment la seconde composante de l'inscription UNESCO de 2017.
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La porte monumentale qui ouvre sur l'enceinte sacrée d'Aphrodite ; avec ses seize colonnes disposées en quatre rangées et leurs fûts torsadés, elle est l'emblème de la cité. Ce qui se dresse aujourd'hui a été obtenu en remettant la plupart de ses pierres à leur place.
Un ensemble architectural dédié au culte impérial, formé de deux portiques à trois niveaux ; avec ses reliefs de marbre, il porte un programme visuel qui a peu d'équivalents dans le monde romain.
Long d'environ 270 mètres, doté de trente rangées de gradins et pouvant accueillir trente mille personnes ; fermé à ses deux extrémités, c'est un édifice hors du commun parmi les stades grecs.
